Thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu

Trong hoạt động thương mại quốc tế và chuỗi cung ứng toàn cầu, tối ưu hóa chi phí luôn là bài toán sống còn đối với mọi doanh nghiệp. Bên cạnh việc tìm kiếm nguồn hàng giá tốt hay tối ưu cước vận tải, việc thu hồi lại nguồn vốn từ các khoản thuế đã nộp thông qua thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu đóng một vai trò cực kỳ quan trọng. Quá trình này không chỉ giúp doanh nghiệp cải thiện mạnh mẽ dòng tiền mà còn gia tăng năng lực cạnh tranh trên thị trường. Tuy nhiên, pháp luật hải quan và thuế luôn đi kèm với những quy định vô cùng chặt chẽ. Bài viết chuẩn chuyên môn dưới đây sẽ cung cấp cho bạn một bức tranh toàn cảnh, chi tiết và dễ hiểu nhất về điều kiện, cách tính cũng như thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu, giúp doanh nghiệp của bạn thu hồi vốn nhanh chóng và tuân thủ tuyệt đối quy định của pháp luật.

Mục lục bài viết

Thuế xuất nhập khẩu có được hoàn lại không

Một trong những câu hỏi mà các chủ doanh nghiệp và nhân viên chứng từ thường xuyên đặt ra là: “Thuế xuất nhập khẩu đã nộp vào ngân sách nhà nước thì có được hoàn lại hay không?”. Câu trả lời chắc chắn là có, nhưng không phải bất kỳ trường hợp nào cũng được cơ quan hải quan giải quyết hoàn thuế.

Hoàn thuế xuất nhập khẩu là việc cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền tiến hành trả lại số tiền thuế cho doanh nghiệp trong trường hợp số thuế đã nộp thực tế lớn hơn nghĩa vụ thuế phải nộp, hoặc hàng hóa thuộc diện không phải nộp thuế. Theo quy định tại luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, nghị định 134/2016/NĐ-CP và được sửa đổi, bổ sung bởi nghị định 18/2021/NĐ-CP, doanh nghiệp sẽ được thực hiện thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu trong 5 trường hợp điển hình sau đây:

Đã nộp thuế nhưng không phát sinh hoạt động xuất nhập khẩu: Người nộp thuế đã hoàn thành việc nộp thuế nhưng thực tế không có hàng hóa xuất, nhập khẩu, hoặc lượng hàng hóa thực tế xuất, nhập khẩu ít hơn so với số lượng đã nộp thuế.
Hàng hóa xuất khẩu nhưng phải tái nhập: Doanh nghiệp đã nộp thuế xuất khẩu nhưng sau đó hàng hóa bị trả về và phải tái nhập trở lại Việt Nam (được hoàn thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu).
Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất: Hàng hóa đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó buộc phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, xuất sang nước thứ ba hoặc xuất vào khu phi thuế quan.
Nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm: Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế, sau đó được đưa vào quá trình sản xuất và thành phẩm cuối cùng đã được xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan.
Máy móc, thiết bị tạm nhập, tái xuất: Các loại máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất (trừ trường hợp đi thuê để thi công dự án, lắp đặt công trình).

Hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu

Để dòng tiền nhanh chóng được hoàn trả về tài khoản, bước cốt lõi nhất trong thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu chính là việc chuẩn bị một bộ hồ sơ giấy tờ chuẩn xác, minh bạch và đầy đủ. Tùy thuộc vào từng trường hợp phát sinh mà cơ quan hải quan sẽ yêu cầu các loại chứng từ khác nhau. Căn cứ theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP và Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hồ sơ cơ bản cho các trường hợp phổ biến được quy định như sau:

Đối với hàng hóa xuất khẩu phải tái nhập

Công văn yêu cầu hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Mẫu số 01 Phụ lục VIIa) nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, hoặc bản giấy theo Mẫu số 09 Phụ lục VII: 01 bản chính.
Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất nhập khẩu (nếu đã thanh toán): 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính.
Hợp đồng thương mại và hóa đơn thương mại; hoặc hợp đồng ủy thác xuất nhập khẩu (nếu có): 01 bản chụp có đóng dấu sao y.
Đặc biệt: Phải có văn bản thông báo của khách hàng nước ngoài, thỏa thuận trả lại hàng, hoặc thông báo của hãng vận tải về việc không có người nhận hàng, trong đó nêu rõ lý do, chủng loại và số lượng hàng hóa bị trả lại: 01 bản chụp.

Đối với hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất

Công văn yêu cầu hoàn thuế theo Mẫu số 01 hoặc Mẫu số 09: 01 bản chính.
Hóa đơn giá trị gia tăng (VAT) hoặc hóa đơn bán hàng, hóa đơn thương mại: 01 bản chụp.
Chứng từ thanh toán hàng hóa và Hợp đồng xuất nhập khẩu: 01 bản chụp có đóng dấu sao y.
Đặc biệt: Văn bản thỏa thuận trả lại hàng hóa cho phía đối tác nước ngoài trong trường hợp xuất trả lại chủ hàng ban đầu: 01 bản chụp sao y bản chính.

Đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu

Công văn yêu cầu hoàn thuế (Mẫu số 01 hoặc Mẫu số 09): 01 bản chính.
Chứng từ thanh toán và Hợp đồng mua bán, xuất nhập khẩu: 01 bản chụp sao y.
Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu: Lập theo Mẫu số 10 tại Phụ lục VII.
Hợp đồng gia công ký với khách hàng nước ngoài (nếu có): 01 bản chụp.
Đặc biệt: Tài liệu pháp lý chứng minh doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hợp pháp trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc sử dụng máy móc, thiết bị sản xuất phù hợp với nguyên vật liệu đã nhập khẩu: 01 bản chụp.

Cách tính thuế xuất nhập khẩu, thuế GTGT được hoàn

Trong thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu, việc xác định chính xác số tiền thuế cần hoàn lại là bước quan trọng giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình và hỗ trợ cơ quan hải quan ra quyết định nhanh chóng. Nguyên tắc tính toán số tiền thuế xuất nhập khẩu và thuế GTGT được hoàn cực kỳ đơn giản và logic, dựa trên công thức cơ bản sau: Số thuế được hoàn = Số thuế đã đóng – Số thuế phải đóng.

Trong đó:

Số thuế đã đóng: Được xác định minh bạch dựa trên các chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước, biên lai kho bạc hoặc chứng từ ngân hàng, kết hợp với tờ khai xuất nhập khẩu đã khai báo.
Số thuế phải đóng: Được xác định căn cứ vào tờ khai tái xuất, tái nhập, hoặc tờ khai sửa đổi (AMA).

Bên cạnh công thức chung, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý cách tính áp dụng cho một số trường hợp mang tính đặc thù:

Đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất sản phẩm xuất khẩu: Số tiền thuế nhập khẩu được hoàn lại sẽ tương ứng với đúng trị giá hoặc số lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu thực tế đã được sử dụng để cấu thành nên sản phẩm thực tế đã xuất khẩu ra nước ngoài.
Đối với máy móc, thiết bị tạm nhập tái xuất: Số tiền thuế nhập khẩu được hoàn lại sẽ được tính toán trên cơ sở giá trị sử dụng còn lại của hàng hóa khi tái xuất khẩu. Tỷ lệ này được xác định dựa trên thời gian máy móc đã được sử dụng và lưu lại tại Việt Nam. Doanh nghiệp tự kê khai và tự chịu trách nhiệm về tỷ lệ khấu hao. Lưu ý quan trọng là nếu hàng hóa máy móc đã hết giá trị sử dụng (khấu hao 100%), doanh nghiệp sẽ không được hoàn lại số thuế nhập khẩu đã nộp.

Đồng thời, pháp luật có quy định về mức giới hạn tối thiểu. Nếu số tiền thuế xuất nhập khẩu được tính ra để hoàn lại có giá trị dưới 50.000 VNĐ trên một tờ khai hải quan, cơ quan hải quan sẽ không tiếp nhận hồ sơ và không thực hiện hoàn trả số tiền này.

Điều kiện hoàn thuế

Bộ hồ sơ đầy đủ và số liệu tính toán chính xác mới chỉ là điều kiện cần. Để thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu được cơ quan hải quan chấp thuận và ban hành quyết định hoàn tiền, lô hàng của doanh nghiệp bắt buộc phải thỏa mãn các điều kiện khắt khe sau đây:

Tình trạng hàng hóa (Áp dụng cho trường hợp tái xuất, tái nhập): Hàng hóa thuộc diện nhập khẩu phải tái xuất, hoặc xuất khẩu phải tái nhập, chỉ được cơ quan hải quan xét duyệt hoàn thuế khi chúng vẫn còn nguyên trạng, tức là chưa qua sử dụng, chưa qua gia công hay chế biến tại Việt Nam.

Chủ thể thực hiện thủ tục: Việc tái xuất hoặc tái nhập hàng hóa bắt buộc phải được thực hiện bởi chính người nhập khẩu/xuất khẩu ban đầu, hoặc người được ủy quyền, ủy thác xuất nhập khẩu hợp pháp.

Điều kiện về cơ sở vật chất (Áp dụng cho loại hình nhập sản xuất xuất khẩu): Tổ chức, cá nhân xin hoàn thuế phải chứng minh được mình có cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam; đồng thời có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng máy móc, trang thiết bị tại cơ sở đó hoàn toàn phù hợp với nguyên vật liệu đã nhập khẩu. Sản phẩm xuất khẩu cũng phải được làm thủ tục hải quan theo đúng loại hình sản xuất xuất khẩu.

Thời hạn nộp hồ sơ: Một trong những rủi ro lớn nhất khiến doanh nghiệp mất quyền lợi là trễ hạn. Việc nộp hồ sơ xin hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn quy định, thường là trong vòng 05 năm kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ nộp thuế.

Khi tất cả các điều kiện này được đáp ứng, doanh nghiệp sẽ nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử hoặc nộp trực tiếp. Cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra, phân loại hồ sơ (hoàn thuế trước kiểm tra sau, hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau) và ban hành quyết định hoàn thuế trong thời gian từ 06 đến 40 ngày làm việc tùy thuộc vào tính phức tạp của hồ sơ.

Dịch vụ hoàn thuế xuất nhập khẩu

Mặc dù mang lại lợi ích tài chính khổng lồ, nhưng thực tế cho thấy việc tự mình tiến hành thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu là một thách thức không hề nhỏ đối với nhiều doanh nghiệp. Quá trình này đòi hỏi sự am hiểu tường tận về các nghị định, thông tư của Bộ Tài chính, kỹ năng giải trình số liệu kế toán chuyên sâu và khả năng xử lý chứng từ phức tạp trên hệ thống hải quan điện tử. Bất kỳ một sai sót nhỏ nào trong khâu chuẩn bị hồ sơ hay tính toán tỷ lệ khấu hao cũng có thể dẫn đến việc hồ sơ bị trả về, kéo dài thời gian đọng vốn, hoặc thậm chí doanh nghiệp bị xử phạt vi phạm hành chính.

Thấu hiểu những khó khăn và rủi ro đó, việc sử dụng các dịch vụ hoàn thuế xuất nhập khẩu từ các đại lý hải quan và đơn vị tư vấn chuyên nghiệp đang là xu hướng được nhiều doanh nghiệp ưu tiên lựa chọn. Một dịch vụ hoàn thuế chất lượng mang lại cho doanh nghiệp những giá trị vượt trội:

Tối ưu hóa quy trình và tiết kiệm thời gian: Thay vì phải tự mình nghiên cứu luật và “loay hoay” với hàng tá biểu mẫu phức tạp, các chuyên gia dày dặn kinh nghiệm sẽ thay mặt bạn hoàn tất mọi thủ tục từ A-Z một cách nhanh chóng và chuẩn xác nhất.
Đảm bảo tính chính xác và minh bạch tuyệt đối: Đội ngũ tư vấn sẽ tiến hành rà soát, kiểm tra chặt chẽ, đối chiếu từng tờ khai, từng khoản thanh toán để đảm bảo số liệu khớp 100% với hệ thống của cơ quan Hải quan, hạn chế triệt để nguy cơ bị từ chối hoàn thuế.
Cải thiện dòng tiền và nâng cao năng lực cạnh tranh: Việc giải ngân nhanh chóng số tiền thuế được hoàn sẽ giúp doanh nghiệp giải phóng được nguồn vốn đọng, tái đầu tư vào các hoạt động cốt lõi, cải thiện biên độ lợi nhuận và gia tăng sức mạnh đàm phán với các đối tác thương mại quốc tế.
Hỗ trợ tư vấn pháp lý 24/7: Không chỉ giải quyết hồ sơ trước mắt, các chuyên gia còn giúp doanh nghiệp chuẩn hóa quy trình kế toán, quản lý nguyên vật liệu để phục vụ cho các đợt kiểm tra, báo cáo quyết toán sau thông quan một cách an toàn nhất.

Bài viết tham khảo: Tạm nhập tái xuất là gì? Các hình thức tạm nhập tái xuất

Tóm lại, thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu là một nghiệp vụ quan trọng và là quyền lợi chính đáng mà mọi nhà xuất nhập khẩu cần phải nắm vững. Việc chuẩn bị hồ sơ cẩn thận, tính toán số liệu trung thực và tuân thủ đúng quy định pháp luật sẽ giúp doanh nghiệp làm chủ được dòng tiền. Nếu bạn không muốn mất quá nhiều thời gian và rủi ro với các thủ tục hành chính, đừng ngần ngại tìm đến các dịch vụ tư vấn hải quan chuyên nghiệp để được hỗ trợ giải quyết hồ sơ một cách thần tốc và hiệu quả nhất!