Trong bối cảnh hoạt động xuất nhập khẩu (XNK) ngày càng mở rộng, các doanh nghiệp hoạt động theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK) hay chế xuất (DNCX) thường được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế. Để đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật, việc lập và nộp Báo cáo quyết toán hải quan (BCQT) là một nghiệp vụ bắt buộc hàng năm.
Nghiệp vụ này vô cùng phức tạp, từ sai sót số liệu tồn kho, chênh lệch giữa kế toán và hải quan, cho đến việc không khai báo đúng định mức sản xuất, dẫn đến nguy cơ bị truy thu thuế và lệ phí khác. Trong bài viết dưới đây, GoTHL sẽ cùng quý doanh nghiệp tổng hợp lại kiến thức cần thiết để từ đó đưa ra giải pháp thích hợp nhất giúp doanh nghiệp làm báo cáo hải quan hiệu quả nhất.
Báo cáo quyết toán hải quan là gì
Báo cáo quyết toán hải quan (BCQT) là một tài liệu quan trọng trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Đây là bảng báo cáo về tình hình sử dụng nguyên vật liệu, vật tư nhập khẩu và hàng hóa xuất khẩu do đơn vị hải quan quản lý.
Về bản chất, báo cáo quyết toán hải quan là báo cáo mà doanh nghiệp hoặc tổ chức phải nộp cho cơ quan hải quan để đối chiếu, xác nhận và quyết toán các số liệu về thuế, phí, và các nghĩa vụ liên quan đến hàng hóa đã được thông quan trong một kỳ nhất định.

Nội dung cốt lõi của báo cáo quyết toán hải quan là thống kê về nguyên vật liệu, thành phẩm, xác định số liệu tồn đầu kỳ, nhập trong kỳ, xuất trong kỳ, và tồn cuối kỳ. Báo cáo này là cơ sở để cơ quan hải quan kiểm tra lại số liệu thuế đã nộp và các khoản chi phí liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu.
Các doanh nghiệp hoạt động sản xuất/gia công xuất khẩu (thường thuộc loại hình doanh nghiệp miễn thuế nhập khẩu như sản xuất xuất khẩu, gia công, chế xuất) được yêu cầu làm Báo cáo quyết toán hải quan về tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu và hàng hóa xuất khẩu.
Mục đích khi làm báo cáo quyết toán hải quan
Việc lập báo cáo quyết toán hải quan có nhiều mục đích quan trọng, phục vụ cả cơ quan quản lý nhà nước và chính doanh nghiệp:
Xác minh nghĩa vụ thuế: Giúp cơ quan hải quan xác định doanh nghiệp đã thực hiện đúng nghĩa vụ thuế xuất nhập khẩu hay chưa.
Điều chỉnh sai sót hoặc thiếu sót: Nếu có sai sót trong quá trình thông quan, Báo cáo quyết toán hải quan giúp điều chỉnh và bổ sung các thông tin còn thiếu.
Quản lý thuế hiệu quả: Tăng cường quản lý, kiểm soát thuế và các khoản chi phí liên quan đến xuất nhập khẩu, đảm bảo công bằng và chính xác.
Đảm bảo sự minh bạch trong kinh doanh: Giúp các cơ quan chức năng và doanh nghiệp thực hiện các hoạt động kinh doanh đúng theo quy định của pháp luật.

Kiểm tra tính tuân thủ: Xác minh việc sử dụng nguyên vật liệu nhập khẩu cho sản xuất hàng xuất khẩu.
Báo cáo quyết toán hải quan khác với Báo cáo tài chính ở chỗ nó chỉ tập trung vào các vấn đề liên quan đến nghĩa vụ thuế và thủ tục hải quan của doanh nghiệp đối với hàng hóa XNK.
Báo cáo quyết toán hải quan là báo cáo bắt buộc đối với các doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu, gia công và chế xuất.
Các tổ chức, cá nhân này nộp Báo cáo quyết toán hải quan cho Cục Hải quan nơi đã thông báo cơ sở sản xuất.
Các mẫu báo cáo quyết toán hải quan và nội dung chính
Theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, có nhiều mẫu báo cáo quyết toán hải quan khác nhau được sử dụng tùy theo loại hình sản xuất và mục đích báo cáo.
Báo cáo quyết toán cho sản xuất xuất khẩu
Đối với loại hình sản xuất xuất khẩu (SXXK), doanh nghiệp cần sử dụng Mẫu số 15/BCQT-NVL/GSQL.

Báo cáo quyết toán cho loại hình gia công
Để báo cáo quyết toán cho loại hình gia công, doanh nghiệp sử dụng Mẫu số 15a/BCQT-SP/GSQL.

Thông tin doanh nghiệp (Tên, mã số thuế).
Thông tin về sản phẩm (Mã sản phẩm, tên sản phẩm, đơn vị tính).
Lượng sản phẩm tồn cuối kỳ trước, nhập kho trong kỳ, xuất kho trong kỳ, và tồn tại kho cuối kỳ.
Lượng sản phẩm chuyển mục đích sử dụng (chuyển tiêu thụ nội địa, tiêu hủy).
Mã của sản phẩm do doanh nghiệp tự xây dựng để quản lý nhập – xuất – tồn kho. Mã sản phẩm phải được khai báo trên tờ khai xuất khẩu.
Báo cáo quyết toán loại hình đặt gia công của nước ngoài, doanh nghiệp chế xuất
Đối với các trường hợp đặt gia công ở nước ngoài hoặc tại doanh nghiệp chế xuất (DNCX), có các mẫu báo cáo khác được sử dụng:
Mẫu 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL: Dùng để báo cáo quyết toán về tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư xuất khẩu để sản xuất hàng hóa gia công tại nước ngoài hoặc tại DNCX. Báo cáo này bao gồm số liệu theo dõi, quản lý tại kho của tổ chức, cá nhân đặt gia công.

Mẫu 15c/BCQT-SPNN/GSQL: Dùng để báo cáo quyết toán về tình hình sản phẩm gia công nhập khẩu từ nước ngoài hoặc DNCX. Nội dung bao gồm số liệu về sản phẩm nhập khẩu, nguyên liệu sử dụng, lượng nguyên liệu/vật tư tồn đầu kỳ, nhập/xuất trong kỳ và tồn cuối kỳ. Số liệu trên báo cáo được lập trên cơ sở quản lý theo dõi sản phẩm nhập khẩu của hàng hóa đặt gia công nước ngoài trên hệ thống sổ sách kế toán.
Báo cáo định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu
Việc lập định mức thực tế được thực hiện bằng Mẫu số 16/ĐMTT/GSQL.
Định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu là một bước quan trọng trong Báo cáo quyết toán hải quan. Định mức thực tế giúp doanh nghiệp theo dõi và đánh giá mức độ hiệu quả trong việc sử dụng nguyên liệu sản xuất, đồng thời đảm bảo rằng các số liệu trong báo cáo là chính xác và hợp lý.
Thông tin sản phẩm xuất khẩu, mã sản phẩm xuất khẩu phải thống nhất với mã đã khai trên tờ khai hải quan.
Thông tin về nguyên liệu, vật tư (Mã, Tên, Đơn vị tính) để sản xuất ra 01 đơn vị sản phẩm.
Lượng nguyên liệu, vật tư thực tế sử dụng: Bao gồm lượng nguyên liệu, vật tư cấu thành sản phẩm và lượng nguyên liệu, vật tư tiêu hao, tạo thành phế liệu, phế phẩm.
Cách làm báo cáo quyết toán hải quan
Cách làm báo cáo quyết toán hải quan đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa các bộ phận trong doanh nghiệp và việc sử dụng phần mềm chuyên dụng. Hiện nay, các doanh nghiệp thường sử dụng phần mềm ECUS5 VNACCS của công ty Thái Sơn để xử lý số liệu và truyền thông tin lên cơ quan Hải quan. Lộ trình chi tiết để làm báo cáo quyết toán hải quan chuẩn xác bao gồm các bước sau:
Bước 1: Tổng hợp số liệu chứng từ hải quan
Đây là bước nền tảng quyết định sự thành bại của toàn bộ báo cáo. Người lập báo cáo cần tổng hợp số liệu từ các bộ phận nội bộ như kho, kế toán, sản xuất và xuất nhập khẩu.
Các dữ liệu cần được chuẩn bị và bóc tách bao gồm:
Bộ phận xuất nhập khẩu: Tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu, chứng từ nhập khẩu (Hợp đồng, Packing list, Invoice), định mức và các điều chỉnh trong định mức.

Bộ phận kế toán: Số liệu về giá trị hàng hóa và chi phí sản xuất (đối với gia công, SXXK), Hóa đơn xuất nhập khẩu, Báo cáo tài chính, chứng từ về phế phẩm, phế liệu.
Bộ phận quản lý kho: Bảng kê hàng tồn kho (đầu kỳ, nhập, xuất), Bảng kê hàng hư hỏng, Báo cáo xuất nhập tồn nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm dở dang.
Bộ phận mua hàng: Hóa đơn mua hàng (Invoice), phiếu nhập kho (Delivery Note), thông tin về mã hóa (HS Code), thông tin về nguồn gốc xuất xứ hàng hóa.
Bước 2: Cập nhật dữ liệu báo cáo quyết toán hải quan
Sau khi tổng hợp, tiến hành tập hợp số liệu để lập bảng thống kê về nguyên vật liệu, thành phẩm, xác định số liệu tồn đầu kỳ, nhập trong kỳ, xuất trong kỳ, tồn cuối kỳ và lập bảng Báo cáo quyết toán.
Cách cập nhật dữ liệu trên phần mềm:
Mã hàng: Là mã do doanh nghiệp tự đặt và quản lý, đã khai báo lên hải quan trên tờ khai nhập khẩu/xuất khẩu. Trường hợp sử dụng mã khác, cần xây dựng và lưu trữ bảng chuyển đổi tương đương.
Lượng tồn đầu kỳ: Nhập tổng số lượng tồn của kỳ báo cáo trước.
Lượng nhập trong kỳ: Nhập tổng số lượng đã nhập theo tờ khai hải quan đang quyết toán trong năm tài chính.
Lượng tái xuất: Nhập tổng lượng đã tái xuất của mã hàng này (đối với BCQT sản phẩm sẽ không có lượng tái xuất).
Lượng chuyển mục đích sử dụng: Nhập tổng lượng đã chuyển mục đích sử dụng (nếu có).
Lượng xuất kho: Nhập tổng số lượng nguyên vật liệu đã xuất kho để đưa vào sản xuất sản phẩm.
Lượng tồn cuối: Phần mềm sẽ tự động tính theo công thức:
Bước 3: Tính định mức thực tế
Tính định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu là một bước quan trọng giúp doanh nghiệp theo dõi hiệu quả sử dụng nguyên liệu.
Định mức thực tế được ghi nhận tại mẫu số 16/ĐMTT/GSQL.

Cần tính toán và ghi nhận lượng nguyên liệu, vật tư thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu, bao gồm cả lượng cấu thành sản phẩm và lượng tiêu hao, tạo thành phế liệu, phế phẩm.
Bước 4: Khai báo đến cơ quan hải quan và nhận kết quả phê duyệt trả về.
Sau khi hoàn thành báo cáo quyết toán (BCQT), doanh nghiệp tiến hành khai báo đến cơ quan hải quan quản lý.
Truyền dữ liệu: Sử dụng phần mềm ECUS5 VNACCS để truyền thông tin báo cáo quyết toán lên cơ quan Hải quan.
Thông báo nhận: Khi gửi thành công, bạn sẽ nhận được thông báo “Hệ thống đã nhận được message và đang trong quá trình xử lý…”.
Nhận phản hồi: Chờ phản hồi từ cơ quan hải quan. Nếu được duyệt chấp nhận, doanh nghiệp tiến hành lấy phản hồi để nhận được kết quả chấp nhận lần khai báo quyết toán, kết thúc quá trình khai báo.
Thời hạn nộp báo cáo quyết toán hải quan
Định kỳ hàng năm, người khai hải quan phải nộp Báo cáo quyết toán hải quan chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính.
Trường hợp doanh nghiệp có sửa đổi, bổ sung báo cáo quyết toán:
- Thời hạn 60 ngày: Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày nộp báo cáo quyết toán nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra, doanh nghiệp được sửa đổi, bổ sung báo cáo.
- Sau thời hạn 60 ngày: Nếu phát hiện sai sót sau thời hạn 60 ngày hoặc sau khi có quyết định kiểm tra, doanh nghiệp vẫn thực hiện sửa đổi, bổ sung nhưng bị xử lý theo quy định pháp luật về thuế và xử lý vi phạm hành chính.
- Trường hợp đặc biệt: Trường hợp hợp nhất, sáp nhập, chia tách, giải thể, chuyển nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, doanh nghiệp phải nộp báo cáo quyết toán chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính hoặc trước khi thực hiện các việc đó.
Mức phạt chậm nộp báo cáo quyết toán hải quan
Doanh nghiệp vi phạm về thời hạn nộp Báo cáo quyết toán hải quan sẽ bị xử phạt sai báo cáo quyết toán hải quan theo quy định.
Theo Khoản 3 Điều 7 Nghị định 128/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp vi phạm có thể bị phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng khi:
Không nộp báo cáo quyết toán hoặc báo cáo sử dụng hàng miễn thuế đúng thời gian quy định.
Nộp báo cáo quyết toán chậm mà không có chứng từ hợp lệ để giải trình.
Ngoài ra, xử phạt sai báo cáo quyết toán hải quan còn áp dụng cho các hành vi như: lập BCQT về lượng nguyên vật liệu không đúng thực tế sử dụng, lập BCQT không khớp với sổ kế toán hoặc tờ khai hải quan, hoặc vi phạm quy định về quản lý hàng tồn kho dẫn đến chênh lệch thực tế.
- Bài viết hữu ích: Dịch vụ khai báo hải quan trọn gói tại Hà Nội
Một vài lưu ý khi làm báo cáo quyết toán hải quan
Để đảm bảo Báo cáo quyết toán hải quan được chính xác và tránh bị truy thu thuế, doanh nghiệp cần lưu ý những điểm sau:
Tính thống nhất của số liệu: Số liệu phải thống nhất tuyệt đối giữa các bộ phận (kho – sản xuất – kế toán – xuất nhập khẩu) và toàn bộ hồ sơ phải minh bạch và khớp nối. Sự khác biệt giữa ghi nhận mã nguyên vật liệu/thành phẩm trên sổ sách kế toán và hồ sơ hải quan là một lỗi phổ biến.
Quản lý mã hàng hóa: Nếu doanh nghiệp sử dụng mã nguyên liệu, vật tư, mã sản phẩm khác với mã đã khai báo trên tờ khai hải quan (mã quản trị nội bộ), tổ chức, cá nhân phải xây dựng, lưu trữ bảng quy đổi tương đương giữa các mã này và xuất trình cho cơ quan hải quan khi có yêu cầu.
Xử lý phế liệu, phế phẩm: Cần báo cáo và có chứng từ chứng minh việc xử lý nguyên vật liệu dư thừa, phế phẩm, phế liệu sau khi kết thúc kỳ năm tài chính. Lỗi thường gặp là không báo cáo việc tiêu hủy nguyên vật liệu và thành phẩm với cơ quan hải quan.
Quản lý loại hình: Doanh nghiệp vừa có loại hình gia công, vừa có sản xuất xuất khẩu thì phải quản lý và lập báo cáo quyết toán riêng biệt cho từng loại hình, tuyệt đối không được sử dụng nguyên vật liệu nhập khẩu của loại hình này để sản xuất sản phẩm cho loại hình kia.
Chuẩn bị hồ sơ hậu kiểm: Sau khi nộp BCQT, doanh nghiệp cần lưu trữ toàn bộ hồ sơ hải quan liên quan (tờ khai, chứng từ kế toán, hồ sơ kỹ thuật,…) trong thời hạn tối thiểu 05 năm để sẵn sàng cho việc kiểm tra sau thông quan.
Nâng cao năng lực nhân sự: Cần đào tạo bộ phận liên quan về quy trình, phần mềm quản lý và kỹ năng thực tế để tránh sai sót.
Kinh nghiệm kiểm tra báo cáo quyết toán hải quan là phải kiểm tra kỹ về định mức và tình hình tồn kho nguyên liệu, vật tư và hàng hóa. Tình hình tồn kho có thể dẫn đến ba trường hợp: không chênh lệch, chênh lệch thừa, hoặc chênh lệch thiếu giữa doanh nghiệp và số liệu đã kê khai hải quan.
Việc làm báo cáo quyết toán hải quan có thể được xem như việc đối chiếu sổ sách của một ngân hàng sau một năm giao dịch quốc tế: Mọi giao dịch nhập và xuất (nguyên liệu và thành phẩm) cần phải được ghi chép và khớp nối tuyệt đối với số dư cuối kỳ, đảm bảo không có đồng nào bị “thất thoát” hay bị sử dụng sai mục đích, từ đó xác nhận tính minh bạch và sự tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.
