Trong bối cảnh nền kinh tế số đang bùng nổ, ngành Hải quan Việt Nam đã có những bước chuyển mình mạnh mẽ. Một trong những cột mốc quan trọng nhất chính là sự ra đời của thông tư 121/2025/TT-BTC, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/02/2026. Văn bản này không chỉ sửa đổi, bổ sung cho thông tư 38/2015/TT-BTC và thông tư 39/2018/TT-BTC mà còn đánh dấu bước ngoặt trong việc hiện đại hóa quản lý hải quan, hướng tới mô hình hải quan phi giấy tờ.
Đối với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, việc cập nhật kịp thời những thay đổi trong hồ sơ hải quan không chỉ là yêu cầu tuân thủ pháp luật mà còn là cơ hội để tối ưu hóa chi phí và thời gian thông quan. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết những điểm mới “sát sườn” nhất mà mọi doanh nghiệp cần biết.
Những thay đổi về hồ sơ hải quan theo thông tư 121/2025/TT-BTC mới nhất
Thông tư 121/2025/TT-BTC tập trung vào việc chuẩn hóa và số hóa hồ sơ. Điểm cốt lõi là chuyển dịch từ quản lý chứng từ giấy sang dữ liệu điện tử, giảm thiểu tối đa gánh nặng hành chính cho doanh nghiệp.
Một nguyên tắc xuyên suốt trong thông tư mới là: Nếu các chứng từ đã được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc được cơ quan thẩm quyền nước ngoài gửi dưới dạng điện tử (qua Cổng một cửa ASEAN…), thì người khai hải quan không phải nộp lại cho cơ quan hải quan. Điều này giúp loại bỏ tình trạng “một cổ hai tròng” về thủ tục giấy tờ.
Thay đổi hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu
Đối với hàng hóa xuất khẩu, điều 16 của thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi căn bản tại thông tư 121/2025/TT-BTC để phù hợp với thực tế giao dịch điện tử. cụ thể, bộ hồ sơ tiêu chuẩn bao gồm:
Tờ khai hải quan: Vẫn là chứng từ bắt buộc số một.
Hóa đơn thương mại (Invoice): Đây là điểm mới đáng chú ý. Trường hợp hóa đơn thương mại đã được cấp dưới dạng điện tử theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi nghị định 70/2025/NĐ-CP) trước thời điểm khai báo, người khai hải quan không phải nộp cho cơ quan hải quan. Quy định này giúp doanh nghiệp cắt giảm thao tác scan/upload chứng từ không cần thiết nếu dữ liệu đã có sẵn trên hệ thống thuế.
Giấy chứng nhận đầu tư (đối với doanh nghiệp FDI): Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện quyền xuất khẩu phải nộp Giấy chứng nhận đầu tư hoặc chứng từ tương đương. Tuy nhiên, điểm cải cách lớn là nếu thực hiện thủ tục tại cùng một cơ quan hải quan, doanh nghiệp chỉ phải nộp chứng từ này lần đầu, các lô hàng sau không cần nộp lại.
Các chứng từ khác: Bao gồm giấy phép xuất khẩu, giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc kết quả kiểm tra chuyên ngành, và hợp đồng ủy thác (nếu có). Đặc biệt, đối với thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, cần có Giấy chứng nhận đăng ký quyền xuất khẩu do Bộ Công Thương cấp.
Việc đơn giản hóa này giúp doanh nghiệp xuất khẩu đẩy nhanh tốc độ làm hàng, đặc biệt là tại các cửa khẩu có lưu lượng hàng hóa lớn.
Thay đổi hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu
Quy trình nhập khẩu thường phức tạp hơn do các yêu cầu về thuế và kiểm soát chất lượng. Thông tư 121/2025/TT-BTC đã tinh gọn hồ sơ nhập khẩu như sau:
Vận đơn (Bill of Lading): Thông tư quy định rất chi tiết các thông tin bắt buộc phải có trên vận đơn hoặc chứng từ vận tải tương đương, bao gồm: tên địa chỉ người gửi/nhận, tên hàng, số lượng, trọng lượng, địa điểm xếp/dỡ, số hiệu phương tiện, v.v.. Điều này nhằm đảm bảo tính minh bạch và truy xuất nguồn gốc hàng hóa.
Hóa đơn thương mại: Tương tự như xuất khẩu, nếu hóa đơn điện tử hợp lệ đã có sẵn, doanh nghiệp không cần nộp bản giấy. Tuy nhiên, doanh nghiệp không phải nộp hóa đơn trong trường hợp nhập khẩu để gia công cho thương nhân nước ngoài hoặc hàng không phải thanh toán.
Tờ khai trị giá: Người khai hải quan khai tờ khai trị giá theo mẫu và gửi đến Hệ thống dưới dạng dữ liệu điện tử. Nếu khai giấy thì nộp 02 bản chính.
Danh mục máy móc thiết bị: Đối với các trường hợp phân loại máy liên hợp, tổ hợp máy hoặc máy móc ở dạng chưa lắp ráp/tháo rời, doanh nghiệp phải nộp Danh mục máy móc thiết bị nhập khẩu kèm Phiếu theo dõi trừ lùi.
Giấy chứng nhận đầu tư (đối với FDI): Tương tự xuất khẩu, doanh nghiệp FDI thực hiện quyền nhập khẩu chỉ cần nộp Giấy chứng nhận đầu tư một lần đầu tại cùng một cơ quan hải quan.
Những thay đổi này yêu cầu doanh nghiệp phải chuẩn hóa dữ liệu đầu vào ngay từ khâu đàm phán hợp đồng để đảm bảo chứng từ (như vận đơn, hóa đơn) đáp ứng đúng chuẩn dữ liệu của Hải quan Việt Nam.
Phối hợp thực hiện pháp luật về hải quan hiện nay ra sao
Một trong những điểm sáng nhất của Thông tư 121/2025/TT-BTC là cơ chế “tự nguyện tuân thủ” và phối hợp giữa doanh nghiệp với cơ quan hải quan, đặc biệt là trong khâu xử lý sai sót.
Cơ chế “Cửa sổ 60 ngày” cho khai bổ sung: Thông tư 121 quy định rõ ràng về quyền của doanh nghiệp trong việc tự phát hiện và sửa lỗi. Nếu người khai hải quan tự xác định có sai sót trong việc khai báo, họ được phép khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan, miễn là trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan,. Đây là khoảng thời gian “vàng” để doanh nghiệp rà soát lại HS code, trị giá, xuất xứ và tự điều chỉnh mà không bị phạt nặng. Doanh nghiệp cần thiết lập quy trình kiểm soát nội bộ để tận dụng tối đa cơ chế này.
Cơ chế tham vấn trị giá “một lần, dùng nhiều lần”: Để giảm bớt gánh nặng hành chính trong việc xác định trị giá tính thuế, Thông tư mới cho phép áp dụng kết quả tham vấn một lần cho các lô hàng tiếp theo. Nếu doanh nghiệp được đánh giá mức tuân thủ cao, kết quả tham vấn có thể được sử dụng trong thời hạn 06 tháng cho các lô hàng giống hệt tại cùng một Chi cục Hải quan. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải phối hợp chặt chẽ với hải quan để chứng minh mức độ tuân thủ và tính đồng nhất của hàng hóa.
Tỷ giá tính thuế theo tuần: Thay vì cập nhật tỷ giá hàng ngày gây khó khăn cho việc dự báo chi phí, Thông tư 121 quy định Cục Hải quan sẽ công bố tỷ giá tính thuế dựa trên tỷ giá của ngày thứ Năm tuần trước liền kề để áp dụng cho các tờ khai đăng ký trong tuần. Sự thay đổi này giúp doanh nghiệp và bộ phận kế toán dễ dàng lên kế hoạch tài chính và tính toán giá vốn (landing cost) chính xác hơn.
Bài viết hữu ích: Các đối tượng không chịu thuế GTGT mới nhất 2026
Hiện đại hóa quản lý hải quan thế nào
Thông tư 121/2025/TT-BTC là văn bản pháp lý thể hiện rõ quyết tâm chuyển đổi số toàn diện của ngành Tài chính và Hải quan. Sự hiện đại hóa này được thể hiện qua các khía cạnh công nghệ then chốt:
Tích hợp định danh điện tử VNeID: Một bước tiến vượt bậc là việc cho phép tổ chức, cá nhân sử dụng tài khoản định danh điện tử quốc gia (VNeID) để đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Điều này đồng nghĩa với việc đơn giản hóa quy trình đăng ký tài khoản, tăng tính bảo mật và xác thực người dùng, đặc biệt hữu ích cho các cá nhân hoặc tổ chức mới tham gia hoạt động xuất nhập khẩu mà chưa có hệ thống tài khoản doanh nghiệp phức tạp.
Số hóa 100% chứng từ hồ sơ: Mục tiêu là loại bỏ hoàn toàn chứng từ giấy trong quá trình thông quan. Thông tư yêu cầu các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan phải được gửi dưới dạng dữ liệu điện tử hoặc bản scan có xác nhận chữ ký số. Doanh nghiệp cần trang bị hạ tầng kỹ thuật, phần mềm khai báo tương thích và chữ ký số để đảm bảo truyền nhận dữ liệu thông suốt.
Kết nối dữ liệu đa quốc gia: Thông tư nhấn mạnh việc tận dụng dữ liệu từ cổng thông tin một cửa quốc gia và cổng thông tin một cửa ASEAN. Khi dữ liệu C/O (Giấy chứng nhận xuất xứ) hoặc các giấy phép chuyên ngành đã được gửi điện tử qua hệ thống này, doanh nghiệp được miễn nghĩa vụ nộp bản giấy. Điều này không chỉ rút ngắn thời gian thông quan mà còn giảm rủi ro về việc thất lạc hoặc làm giả chứng từ.
Bạn có thể xem thông tư 121/2025/TT-BTC tại đây
Thông tư 121/2025/TT-BTC mang đến một luồng gió mới, thông thoáng và hiện đại hơn cho thủ tục hải quan Việt Nam. Để thích ứng, doanh nghiệp cần chủ động cập nhật hệ thống phần mềm (như ECUS/VNACCS), chuẩn hóa quy trình lưu trữ hồ sơ điện tử và tận dụng triệt để các cơ chế ưu đãi như khai bổ sung trong 60 ngày hay tham vấn trị giá một lần. Sự chuẩn bị kỹ lưỡng ngay từ bây giờ sẽ là chìa khóa để doanh nghiệp bứt phá khi các quy định này chính thức đi vào cuộc sống từ đầu năm 2026.
