Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế sâu rộng, nhu cầu tiêu dùng các sản phẩm nông sản ngoại nhập tại Việt Nam ngày càng tăng cao, từ các loại trái cây thượng hạng như cherry, nho, táo cho đến các loại hạt dinh dưỡng, gia vị và nguyên liệu sản xuất. Tuy nhiên, nông sản là mặt hàng đặc thù liên quan trực tiếp đến an toàn vệ sinh thực phẩm và hệ sinh thái nông nghiệp trong nước. Do đó, thủ tục nhập khẩu nông sản luôn được các cơ quan chức năng kiểm soát vô cùng nghiêm ngặt. Trong bài viết này sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết nhất về thủ tục nhập khẩu nông sản, giúp doanh nghiệp thông quan nhanh chóng và tối ưu hóa lợi nhuận.
Chính sách nhập khẩu nông sản vào Việt Nam
Bước đầu tiên và quan trọng nhất trước khi ký kết hợp đồng thương mại là doanh nghiệp phải nắm rõ chính sách quản lý chuyên ngành. Không phải loại nông sản nào hay từ quốc gia nào cũng được phép nhập khẩu vào Việt Nam.
Căn cứ pháp lý: Hoạt động này chịu sự điều chỉnh của nhiều văn bản quan trọng như: Luật an toàn thực phẩm 2010, thông tư 30/2014/TT-BNNPTNT; thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi thông tư 39/2018/TT-BTC), nghị định 15/2018/NĐ-CP về an toàn thực phẩm và nghị định 69/2018/NĐ-CP. Điều kiện tiên quyết:

Kiểm tra danh sách quốc gia được phép xuất khẩu: Trước khi tiến hành thủ tục nhập khẩu nông sản, doanh nghiệp bắt buộc phải kiểm tra xem nước xuất khẩu có nằm trong danh sách các quốc gia được phép xuất khẩu thực phẩm có nguồn gốc thực vật vào Việt Nam hay không. Nếu nước đó chưa có trong danh sách, doanh nghiệp tuyệt đối không được nhập khẩu để tránh rủi ro hàng bị trả về.
Kiểm dịch thực vật: Hầu hết các loại nông sản (rau, củ, quả, hạt…) đều thuộc diện phải kiểm dịch thực vật để đảm bảo không mang theo mầm bệnh, sâu hại lạ vào Việt Nam.
An toàn thực phẩm: Đối với nông sản dùng làm thực phẩm (như trái cây, hạt ăn được), doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục tự công bố sản phẩm hoặc đăng ký kiểm tra an toàn thực phẩm theo nghị định 15/2018/NĐ-CP.
Việc hiểu rõ chính sách không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn là bước đệm vững chắc để thực hiện trôi chảy các bước tiếp theo trong thủ tục nhập khẩu nông sản.
Xác định mã hs của nông sản
Trong xuất nhập khẩu, việc xác định chính xác mã HS (HS Code) được ví như việc tìm ra “chứng minh thư” cho hàng hóa. Mã HS quyết định trực tiếp đến mức thuế suất và các chính sách quản lý chuyên ngành đi kèm. Xác định đúng mã HS giúp doanh nghiệp tính toán chính xác chi phí thuế, tránh bị xử phạt hành chính do khai sai mã và hạn chế tình trạng trì hoãn thông quan. Nếu khai sai, doanh nghiệp có thể đối mặt với mức phạt từ 2.000.000 VNĐ đến gấp 3 lần số thuế phải nộp. Tham khảo mã HS cho một số nông sản phổ biến: Nông sản thường nằm ở các chương 07, 08, 09, 12 trong Biểu thuế xuất nhập khẩu. Dưới đây là một số gợi ý để bạn tham khảo khi làm thủ tục nhập khẩu nông sản:
Chương 07: Rau củ và một số loại rễ, củ ăn được
- Đậu xanh, đậu khô: Nhóm 0713.
- Hành, tỏi: nhóm 0703 (tươi/ướp lạnh) hoặc 0712 (khô).
Chương 08: Quả và quả hạch (hạt) ăn được
- Hạt điều: Nhóm 0801 (hoặc 2008 nếu đã chế biến).
- Cam: 0805.10.
- Táo: 0808.10.
- Lê: 0808.30.
- Cherry: 0809.21.

Chương 09: Cà phê, chè, chè paragoay và các loại gia vị
- Hạt tiêu: nhóm 0904.
- Quế: nhóm 0906.
- Gừng, nghệ: nhóm 0910.
Chương 12: Hạt dầu và quả có dầu; các loại hạt, hạt giống
- Vừng (mè): nhóm 1207.
Thuế nhập khẩu nông sản
Một tin vui cho các doanh nghiệp là chính sách thuế đối với nông sản nhập khẩu hiện nay khá ưu đãi, đặc biệt là thuế giá trị gia tăng (VAT).
Thuế nhập khẩu (Import Duty): Mức thuế này phụ thuộc vào mã HS và xuất xứ của lô hàng.
Thuế nhập khẩu ưu đãi: Áp dụng cho hàng hóa từ các nước có quan hệ tối huệ quốc (MFN) với Việt Nam.
Thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt: Nếu doanh nghiệp có giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) từ các nước/khu vực có hiệp định thương mại tự do (FTA) với Việt Nam như Trung Quốc (ACFTA), ASEAN (ATIGA), Hàn Quốc (AKFTA). mức thuế có thể giảm xuống 0%. Đây là cách tối ưu chi phí hiệu quả nhất khi làm thủ tục nhập khẩu nông sản.
Thuế giá trị gia tăng (VAT): Theo quy định tại luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn, các sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Điều này có nghĩa là khi nhập khẩu các loại rau, củ, quả tươi sống hoặc sơ chế (làm sạch, phơi khô, tách hạt…), doanh nghiệp không phải nộp thuế VAT (thuế suất 0% hoặc không chịu thuế tùy trường hợp cụ thể).
Công thức tính thuế nhập khẩu:
Thuế nhập khẩu = Trị giá tính thuế (CIF) x Thuế suất thuế nhập khẩu.
Bộ hồ sơ làm thủ tục nhập khẩu nông sản
Để quá trình thông quan diễn ra suôn sẻ, doanh nghiệp cần chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ và chính xác. Theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), bộ hồ sơ làm thủ tục nhập khẩu nông sản bao gồm:
- Tờ khai hải quan nhập khẩu: Khai báo trên hệ thống VNACCS/VCIS.
- Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): Thể hiện giá trị lô hàng.
- Vận đơn (Bill of Lading/Airway Bill): Chứng từ vận tải.
- Danh sách đóng gói (Packing List): Chi tiết quy cách đóng gói, trọng lượng.
- Hợp đồng thương mại (Sales Contract): Thỏa thuận mua bán.
- Giấy chứng nhận xuất xứ (Certificate of Origin – C/O): Bản gốc (nếu muốn hưởng thuế ưu đãi đặc biệt).
- Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate): Đây là chứng từ quan trọng nhất do cơ quan kiểm dịch nước xuất khẩu cấp. Bản gốc là bắt buộc để làm thủ tục kiểm dịch tại Việt Nam.
- Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật và an toàn thực phẩm: Doanh nghiệp đăng ký trên hệ thống một cửa quốc gia.
Doanh nghiệp cần lưu ý kiểm tra tính đồng nhất của thông tin trên tất cả các chứng từ này để tránh việc hải quan yêu cầu giải trình hoặc sửa đổi hồ sơ.

Quy trình làm thủ tục nhập khẩu nông sản
Quy trình thực tế khi hàng về đến cảng/sân bay sẽ bao gồm các bước phối hợp nhịp nhàng giữa khai báo hải quan và làm việc với cơ quan kiểm dịch thực vật. Dưới đây là 5 bước chuẩn trong thủ tục nhập khẩu nông sản:
Bước 1: Khai báo tờ khai hải quan
Dựa trên bộ chứng từ đã chuẩn bị và mã HS đã xác định, doanh nghiệp thực hiện khai báo trên phần mềm hải quan điện tử (ECUS/VNACCS). Hệ thống sẽ tự động phân luồng tờ khai (Xanh, Vàng, Đỏ).
Bước 2: Đăng ký kiểm dịch thực vật và an toàn thực phẩm
Đây là bước bắt buộc đối với nông sản. Doanh nghiệp thực hiện đăng ký trên Cổng thông tin một cửa quốc gia (vnsw.gov.vn).
Hồ sơ gồm: Giấy đăng ký, phytosanitary certificate gốc từ nước xuất khẩu, hợp đồng, invoice, packing list.
Cơ quan kiểm dịch sẽ tiếp nhận và cấp số đăng ký.
Bước 3: Lấy mẫu kiểm dịch tại cảng/cửa khẩu
Sau khi tờ khai hải quan được đăng ký và hồ sơ kiểm dịch được tiếp nhận, doanh nghiệp liên hệ với cơ quan kiểm dịch thực vật tại cửa khẩu để tiến hành lấy mẫu thực tế.
Cán bộ kiểm dịch sẽ mở container/kiện hàng để lấy mẫu kiểm tra sâu bệnh và các chỉ tiêu an toàn thực phẩm.
Trong thời gian chờ kết quả, hàng hóa thường được mang về kho bảo quản (nếu được hải quan chấp nhận) để tránh phí lưu kho bãi tại cảng.
Bước 4: Nhận kết quả và thông quan hàng hóa
Sau khi mẫu được kiểm tra và đạt yêu cầu, cơ quan kiểm dịch sẽ cấp “Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật và kiểm tra an toàn thực phẩm hàng hóa có nguồn gốc thực vật nhập khẩu”. Doanh nghiệp nộp chứng thư này cho cơ quan hải quan để hoàn tất thủ tục thông quan.
Bước 5: Đưa hàng về kho và phân phối
Sau khi được thông quan, doanh nghiệp có thể chính thức đưa hàng hóa vào tiêu thụ hoặc sản xuất.

Những lưu ý khi nhập khẩu nông sản vào Việt Nam
Nhập khẩu nông sản tuy mang lại lợi nhuận cao nhưng cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu doanh nghiệp thiếu kinh nghiệm. Để thủ tục nhập khẩu nông sản diễn ra thuận lợi, hãy ghi nhớ những lưu ý sau đây:
Phytosanitary Certificate bản gốc là “bất ly thân”: Cơ quan kiểm dịch Việt Nam yêu cầu bản gốc Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật từ nước xuất khẩu. Do đó, hãy yêu cầu đối tác gửi chứng từ này về sớm nhất có thể, tránh tình trạng hàng về đến nơi mà giấy tờ chưa tới.
Chủ động về thời gian: Nông sản là hàng dễ hư hỏng. Việc chậm trễ trong khâu kiểm dịch hoặc hải quan sẽ làm tăng chi phí lưu container, lưu kho (DEM/DET) và tiền điện (đối với container lạnh), đồng thời làm giảm chất lượng hàng hóa. Hãy đăng ký kiểm dịch ngay khi có số vận đơn.
Kiểm soát chất lượng từ đầu: Hãy chắc chắn rằng lô hàng thực tế sạch đất, không nhiễm mọt hay các đối tượng kiểm dịch thực vật của Việt Nam. Nếu hàng bị phát hiện nhiễm sâu bệnh lạ, lô hàng có thể bị buộc tái xuất hoặc tiêu hủy ngay lập tức.
Sử dụng dịch vụ Forwarder uy tín: Nếu doanh nghiệp chưa tự tin về nghiệp vụ, việc thuê một đơn vị dịch vụ logistics chuyên nghiệp để tư vấn mã HS và thực hiện trọn gói thủ tục nhập khẩu nông sản là giải pháp an toàn và tiết kiệm chi phí nhất.
- Bài viết hữu ích: Thủ tục xuất khẩu nông sản sang Trung Quốc
Thủ tục nhập khẩu nông sản đòi hỏi sự tỉ mỉ và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về kiểm dịch và an toàn thực phẩm. Việc chuẩn bị kỹ lưỡng từ khâu tìm nguồn hàng, xác định mã HS đến hoàn thiện bộ chứng từ sẽ giúp doanh nghiệp đưa những sản phẩm nông sản chất lượng về Việt Nam một cách nhanh chóng và hiệu quả.
