Phí và lệ phí làm thủ tục hải quan

Trong hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu và logistics hiện đại, sự trơn tru của chuỗi cung ứng phụ thuộc rất lớn vào khâu thông quan hàng hóa. Khi tiến hành đưa hàng hóa qua biên giới, ngoài việc chuẩn bị bộ chứng từ phức tạp hay tính toán các loại thuế xuất nhập khẩu, doanh nghiệp còn phải hoàn thành nghĩa vụ tài chính đối với cơ quan nhà nước, trong đó phí và lệ phí làm thủ tục hải quan là một yếu tố không thể bỏ qua. Phí hay lệ phí hải quan là số tiền mà các doanh nghiệp hoặc các nhà cung cấp dịch vụ xuất nhập khẩu hàng hóa phải trả cho việc chuẩn bị chứng từ, phí vận chuyển hoặc các chi phí khác liên quan đến dịch vụ.

Mục lục bài viết

Mức phí, lệ phí làm thủ tục hải quan

Để đảm bảo tính minh bạch và thống nhất trong công tác quản lý nhà nước, Bộ Tài chính đã ban hành các quy định rất cụ thể về biểu mức thu phí và lệ phí làm thủ tục hải quan. Mức thu này được áp dụng cố định theo từng loại hình thủ tục phát sinh mà doanh nghiệp thực hiện.

Theo các quy định hiện hành (được quy định chi tiết tại Thông tư 14/2021/TT-BTC và được cập nhật tại Thông tư 86/2025/TT-BTC), mức thu phí và lệ phí làm thủ tục hải quan được phân loại rõ ràng cho từng nhóm đối tượng như sau:

Đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thông thường: Phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, hoặc phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh được ấn định ở mức 20.000 đồng/tờ khai.
Đối với thủ tục bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ: Phí hải quan để cơ quan chức năng tiến hành kiểm tra, giám sát, hoặc tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ là 200.000 đồng/01 đơn đề nghị.
Đối với sổ tạm quản (Sổ ATA): Phí hải quan cấp sổ ATA phục vụ cho hàng hóa tạm xuất tái nhập là 1.000.000 đồng/sổ. Trong trường hợp doanh nghiệp cần cấp lại sổ ATA, mức phí sẽ là 500.000 đồng/sổ.
Đối với hàng hóa quá cảnh: Lệ phí áp dụng cho các lô hàng hóa có nhu cầu quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam là 200.000 đồng/tờ khai.
Đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường bộ: Lệ phí áp dụng cho các phương tiện như ô tô, đầu kéo, máy kéo là 200.000 đồng/phương tiện.
Đối với phương tiện vận tải quá cảnh đường thủy: Lệ phí đối với tàu, ca nô, đầu kéo, xà lan khi di chuyển quá cảnh là 500.000 đồng/phương tiện.

Việc nắm bắt chính xác bảng giá này giúp các bộ phận kế toán và chứng từ của doanh nghiệp hạch toán chi phí một cách chính xác, tránh những nhầm lẫn không đáng có.

Các trường hợp miễn phí hải quan

Chính phủ luôn có những chính sách ưu đãi, khuyến khích đặc biệt nhằm hỗ trợ các hoạt động ngoại giao, nhân đạo và tạo điều kiện cho giao thương quy mô nhỏ lẻ. Theo đó, không phải bất cứ khi nào mở tờ khai doanh nghiệp cũng phải nộp tiền. Pháp luật đã quy định rất rõ các trường hợp được miễn thu phí và lệ phí làm thủ tục hải quan, bao gồm:

Hàng hóa vì mục đích nhân đạo, phi thương mại: Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà biếu, quà tặng vì mục đích từ thiện; quà tặng cho các cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị – xã hội, tổ chức xã hội nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân (trong định mức miễn thuế); đồ dùng của các tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quy chế miễn trừ ngoại giao; và hành lý mang theo người của hành khách xuất nhập cảnh.
Hàng hóa có giá trị hoặc tiền thuế siêu nhỏ qua chuyển phát nhanh: Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh mà có tổng số tiền thuế phải nộp dưới 100.000 đồng, hoặc lô hàng đó có tổng trị giá hải quan từ 1.000.000 đồng trở xuống.
Hàng hóa có giá trị thấp thông thường: Hàng hóa xuất nhập khẩu có tổng số tiền thuế phải nộp dưới 50.000 đồng cho một lần xuất nhập khẩu, hoặc hàng hóa có trị giá hải quan dưới 500.000 đồng.
Giao thương của cư dân biên giới: Hàng hóa trao đổi, mua bán của cư dân sinh sống tại khu vực biên giới trong định mức miễn thuế theo quy định của pháp luật.
Phương tiện qua lại biên giới thường xuyên: Các phương tiện vận tải của cư dân biên giới thường xuyên qua lại, được cơ quan hải quan quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi mà không yêu cầu quản lý bằng tờ khai.
Hàng hóa, phương tiện quá cảnh theo điều ước quốc tế: Hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh được miễn phí, lệ phí theo các điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc theo các cam kết đặc biệt của Chính phủ Việt Nam.

Việc chủ động cập nhật và đối chiếu lô hàng của mình với danh sách miễn trừ trên sẽ giúp doanh nghiệp không bị lãng phí ngân sách vào các khoản phí và lệ phí làm thủ tục hải quan không cần thiết.

Thời gian nộp lệ phí hải quan

Bên cạnh việc nắm rõ mức phí, việc tuân thủ chính xác thời gian nộp phí và lệ phí làm thủ tục hải quan là một nguyên tắc sống còn giúp doanh nghiệp tránh khỏi rắc rối pháp lý và hình phạt truy thu.

Về cơ bản, đối với các doanh nghiệp có tần suất xuất nhập khẩu thấp, việc nộp lệ phí nên được thực hiện ngay tại thời điểm mở tờ khai để hồ sơ được thông quan nhanh chóng nhất. Tuy nhiên, để tạo điều kiện thuận lợi và giảm thiểu gánh nặng thủ tục hành chính cho các doanh nghiệp có hoạt động giao thương nhộn nhịp, pháp luật cho phép các doanh nghiệp phát sinh nhiều tờ khai trong tháng được quyền đăng ký nộp phí và lệ phí làm thủ tục hải quan theo hình thức gom chung theo tháng.

Nếu áp dụng hình thức này, doanh nghiệp sẽ căn cứ vào danh sách các tờ khai phải nộp phí do cơ quan hải quan tổng hợp và thông báo. Hạn chót để thanh toán toàn bộ chi phí này là chậm nhất trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo.

Hiện nay, nhằm thúc đẩy quá trình chuyển đổi số, doanh nghiệp có thể thực hiện nộp phí và lệ phí làm thủ tục hải quan thông qua rất nhiều hình thức linh hoạt và tiện lợi như:

Nộp trực tiếp tại Chi cục Hải quan hoặc Kho bạc Nhà nước.
Nộp trực tuyến (online) thông qua Cổng thông tin điện tử của Cơ quan quản lý thuế, Cổng dịch vụ công quốc gia, hoặc qua các ứng dụng thanh toán điện tử của ngân hàng thương mại. Việc thanh toán online không chỉ giúp tiết kiệm tối đa thời gian, nhân lực mà còn đảm bảo độ chính xác tuyệt đối và hạn chế tối đa rủi ro chậm trễ.

Lưu ý rằng, nếu doanh nghiệp nộp chậm, nộp thiếu hoặc không tuân thủ đúng hình thức đã đăng ký, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính, bị truy thu toàn bộ số tiền còn thiếu và thậm chí có thể bị tạm dừng thực hiện các thủ tục hải quan cho những lô hàng tiếp theo.

Quy định về người nộp phí, lệ phí hải quan

Mỗi một loại hình thủ tục sẽ gắn liền với một nhóm đối tượng chịu trách nhiệm thanh toán cụ thể. Việc xác định rõ ai là người có nghĩa vụ nộp phí và lệ phí làm thủ tục hải quan sẽ giúp quá trình chuẩn bị hồ sơ và làm việc với các bên đối tác (như công ty Forwarder, đại lý hải quan) trở nên minh bạch hơn. Theo quy định, người nộp phí, lệ phí bao gồm các chủ thể sau:

Đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, phương tiện xuất nhập cảnh: Trách nhiệm nộp phí thuộc về các tổ chức, cá nhân trực tiếp thực hiện khai báo và nộp tờ khai hải quan (hoặc các chứng từ có giá trị thay thế tờ khai hải quan).
Đối với hàng hóa tạm xuất tái nhập (Sổ ATA): Tổ chức, cá nhân nào đứng ra làm đơn đề nghị cấp sổ tạm quản (Sổ ATA) theo cơ chế Công ước Istanbul sẽ là người chịu trách nhiệm nộp phí.
Đối với thủ tục bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ: Khi có nghi ngờ hàng hóa xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, chủ thể quyền sở hữu trí tuệ đã được pháp luật bảo hộ (hoặc người được ủy quyền hợp pháp của họ) nộp đơn đề nghị cơ quan hải quan kiểm tra, tạm dừng thông quan sẽ phải nộp khoản phí này.
Đối với lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh: Tổ chức, cá nhân nào đứng ra khai và nộp tờ khai hải quan đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam sẽ là người nộp lệ phí.

Tổ chức thu phí, lệ phí hải quan

Cuối cùng, dòng tiền nộp phí và lệ phí làm thủ tục hải quan sẽ chảy về đâu? Cơ quan nào có thẩm quyền đứng ra tổ chức thu và quản lý các khoản phí này? Theo quy định hiện hành, các tổ chức có thẩm quyền thu phí bao gồm:

Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai: Đây là đơn vị trực tiếp thu phí đối với các lô hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và hàng hóa quá cảnh.
Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục phương tiện: Thực hiện thu lệ phí đối với các phương tiện vận tải có hoạt động xuất cảnh, nhập cảnh hoặc quá cảnh qua biên giới.
Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận đơn sở hữu trí tuệ: Chịu trách nhiệm thu phí đối với các đơn đề nghị kiểm tra, giám sát, tạm dừng thủ tục hải quan đối với hàng hóa nghi ngờ vi phạm sở hữu trí tuệ.
Các tổ chức được ủy nhiệm: Trong một số trường hợp đặc thù, việc thu phí sẽ được cơ quan hải quan ủy nhiệm cho các tổ chức khác thực hiện. Điển hình nhất là Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) được giao thẩm quyền thu phí hải quan đối với việc cấp sổ ATA.

Việc am hiểu tường tận các quy định về phí và lệ phí làm thủ tục hải quan chính là chìa khóa giúp doanh nghiệp làm chủ quá trình thông quan, tránh thất thoát ngân sách và xây dựng một quy trình logistics chuyên nghiệp, bền vững. Nếu doanh nghiệp của bạn đang cần một đối tác dày dặn kinh nghiệm để tư vấn trọn gói về các thủ tục pháp lý, đại diện khai báo hải quan điện tử nhanh chóng và chuẩn xác, hãy liên hệ ngay với các đơn vị đại lý hải quan uy tín. Chỉ với một khoản đầu tư nhỏ cho dịch vụ khai thuê chuyên nghiệp, bạn sẽ giải quyết triệt để mọi rủi ro về thuế, phí và tối đa hóa hiệu quả hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp mình!